Domates Kahverengi Rugose Fruit Virus dünya çapında domates ve biber bitkilerini enfekte ederken, tohum şirketleri dirençli bir domates yetiştirmek için çalışıyor.
Zengin genetik ve genomik kaynaklar, domatesin genomik sıralama projelerinin başlangıcından önce bile domates yetiştiricileri için mevcuttu. Büyük domates germplazm koleksiyonları uzun zamandır çeşitli yerlerde kurulmuştur. Dünya genelinde 75,000'den fazla domates katkısı gen bankalarında muhafaza edilmektedir. En büyüklerinden biri, Cenevre, NY'deki USDA gen bankasıdır.
Domates genomunun dizilimi, 2005 yılında 14 ülke arasında çok uluslu bir çaba olarak başlatılmış ve 2012'de tamamlanmıştır. Bu çabalar, büyük miktarlarda genetik ve fenotipik veriyi analiz etmek için yapay zeka, makine öğrenimi ve gelişmiş algoritmaların uygulanmasıyla büyük ölçüde hızlandırılmıştır.
Domates Pan-Genomu
2020'de Boyce Thompson Enstitüsü'nden araştırmacılar, daha eksiksiz ve kullanışlı bir pan-genomu üretmek için yabani domatesler için yüksek kaliteli bir referans genom oluşturdu. Meyve aromasının, boyutunun ve olgunlaşmasının, stres toleransının ve hastalık direncinin altında yatan genom bölümlerini keşfettiler. Kısmen çok uzun DNA parçalarını okuyabilen son teknoloji dizileme teknolojileri sayesinde, referans genom mevcut veri tabanından daha eksiksiz ve doğrudur.
Daha kısa DNA parçalarını okuyan eski dizileme teknolojileri, tek baz seviyesindeki mutasyonları tanımlar. Bununla birlikte, büyük DNA parçalarının yerleştirilmesi, silinmesi, ters çevrilmesi veya kopyalanması gibi yapısal varyantları bulmada iyi değillerdir.
2019'da uluslararası bir araştırmacı grubu, filogenetik ve coğrafi olarak temsili 725 çeşitten genom dizilerini kullanarak bir domates pan-genomu oluşturdu. Bu veritabanı, orijinal referans genomda bulunmayan 4,873 gen içerir. Mevcut / yok varyasyon analizleri, domatesin evcilleştirilmesi ve geliştirilmesi sırasında önemli gen kaybını ve genlerin ve promoterlerin yoğun negatif seçimini ortaya çıkarmıştır.
Makalenin tamamını www.seedworld.com adresinde okuyun.